入退社手続きと年末調整をオンライン化する方法｜流れとツールの選び方

入社のたびに書類を郵送して回収し、記入漏れを電話で確認する。退職者が出れば離職票や源泉徴収票の準備に追われ、年末には年末調整の申告書を全員分チェックする。人事・労務の担当者が限られる企業ほど、入退社と年末調整の紙の作業は大きな負担です。

本記事では、入退社手続きと年末調整をオンラインで完結するために、何をどこまでオンライン化できるのかを整理し、手続きの流れ、進め方の5ステップ、ツールの選び方を解説します。届出の期限などは、厚生労働省・日本年金機構・国税庁の公式資料にもとづいて記載しています。

入退社手続きと年末調整はオンラインで完結できるか？

• 従業員からの回収：入社予定者や従業員が、PCやスマートフォンのフォームから情報を入力し、書類を提出する
• 社内での確認：担当者が提出状況を一覧で確認し、不備があれば項目を指定して差し戻す
• 行政への届出：雇用保険や健康保険・厚生年金保険の届出を、e-Govから電子申請する
• 年末調整：従業員が控除申告書をデータで作成・提出し、会社が受け取って年税額を計算する

オンライン化できる範囲を3つに分けて考える

入退社と年末調整の負担は、行政への届出そのものよりも、その前の「従業員から情報と書類を集め、内容を確かめる」作業に多くかかります。書類の郵送、記入漏れの確認、未提出者への連絡といったやり取りです。そのため、まず従業員とのやり取りをフォームと管理画面に集め、そのうえで行政への電子申請につなげる順番にすると、効果が出やすくなります。

一方で、e-Govでの電子申請は、労務管理システムがなくても利用できます。自社の給与ソフトや労務管理システムが電子申請に対応しているか、e-Govを直接使うかも、あわせて検討します。

入社手続きの流れと主な届出

※健康保険組合に加入している場合、健康保険の届出は健康保険組合にも提出します。提出先や様式は加入している健康保険の案内を確認してください。

入社前に集める情報（氏名、住所、マイナンバー、扶養家族、口座など）と書類が多いため、入社予定者が自分で入力・提出できるフォームを用意すると、郵送や転記の手間を減らせます。

退社手続きの流れと主な届出

※健康保険組合に加入している場合、健康保険の資格喪失届は健康保険組合にも提出します。

退職時は、最終出社日、貸与物の返却、離職票の要否、退職後の連絡先など、本人に確認したい事項が多くあります。確認事項をフォームにまとめておくと、メールや紙での個別のやり取りを減らせます。

年末調整の流れと電子化の仕組み

年末調整で従業員が提出する主な申告書

令和8年分の年末調整では、主に次の申告書を使います。いずれも一定の要件のもとで、データで提出できます。

• 給与所得者の扶養控除等（異動）申告書
• 基礎控除申告書・配偶者控除等申告書・特定親族特別控除申告書・所得金額調整控除申告書（兼用様式）
• 保険料控除申告書
• 住宅借入金等特別控除申告書

会社が申告書をデータで受け取るための条件

令和3年4月1日以降は、税務署への申請は不要です。ただし、データの受け取り方法（メール、社内システムなど）を定めておくことと、提出した人の氏名を明らかにする措置（電子署名、またはIDとパスワードなど）が必要です。また、法令上は事前に従業員の同意を得る必要はありません。

年調ソフトは国税庁が無償で提供しており、マイナポータルと連携すると、複数の控除証明書を一度の操作で取得できます。なお、令和8年度税制改正による基礎控除の引上げ等は、原則として令和8年12月1日に施行され、令和8年12月に行う年末調整から反映されます。控除額などの最新の情報は、国税庁の「年末調整のしかた」で確認してください。

電子申請は義務か？e-Govでできること

特定の法人の電子申請の義務化は、2020年4月以降に始まる事業年度から適用されています。健康保険・厚生年金保険では、資格取得届・資格喪失届は義務化の対象ではありませんが、電子申請は利用できます。

e-Govの電子申請には、e-Govアカウントのほか、GビズIDなどのアカウントが使えます。GビズIDは無料で利用でき、日本年金機構の案内では、取得の審査に2週間程度かかるとされています。社会保険の手続きを電子申請する場合は原則として電子証明書が必要ですが、GビズIDを使うと電子署名を省略できる場合があります。電子申請を始める場合は、アカウントの準備を早めに進めておきます。

入退社手続きと年末調整をオンライン化する5つのステップ

ステップ1：いまの手続きと書類を洗い出す

入社・退社・年末調整のそれぞれで、従業員から集めている情報と書類、社内の確認担当、行政への届出、期限を一覧にします。紙やメールでやり取りしている箇所に印を付けると、オンライン化の対象が見えてきます。

ステップ2：従業員とのやり取りをフォームに集める

入社予定者の情報入力、書類や写真の提出、退職時の確認事項を、PCやスマートフォンから回答できるフォームにまとめます。郵送や転記が減り、記入漏れも入力時に防ぎやすくなります。

ステップ3：確認と差し戻しのルールを決める

誰がどの項目を確認するか、不備があったときにどう差し戻すかを決めます。提出状況を一覧で確認できる仕組みにすると、未提出者への連絡も漏れにくくなります。

ステップ4：行政への電子申請を準備する

GビズIDなどのアカウントを用意し、e-Govや、電子申請に対応した給与ソフト・労務管理システムから届出できるようにします。特定の法人に当たる場合は、義務化の対象手続きを優先します。

ステップ5：年末調整の電子化は早めに周知する

国税庁は、年末調整の電子化の初年度は、年末調整の時期のおおむね2か月前には従業員に周知したほうがよいとしています。データの受け取り方法や氏名を明らかにする措置を決め、年調ソフトやマイナポータル連携の使い方を案内します。今年分に間に合わない場合は紙と併用し、翌年分に向けて準備を始める進め方も現実的です。

入退社手続き・年末調整をオンライン化するツールの選び方

1. 従業員の入力画面：入社予定者や従業員が、スマートフォンからでも迷わず入力・提出できるか
2. 確認と差し戻し：提出状況を一覧で確認でき、不備のある項目を指定して差し戻せるか
3. 電子申請・給与ソフトとのつながり：e-Govへの電子申請に対応しているか。年末調整のデータを給与ソフトに渡して年税額を計算できるか
4. 社員情報への反映：入社時に集めた情報が、そのまま社員名簿や勤怠・評価などの機能に使えるか

入退社・年末調整を扱える製品の例

人事労務システムの多くが、入退社手続きと年末調整のオンライン化に対応しています。以下は、各社の公式サイトで確認できた労務機能の例です（2026年11月時点）。製品ごとの詳しい比較は「中堅企業向け人事労務システム5選を比較」で解説しています。

SmartOpsで入退社手続きをオンライン化する

SmartOpsは、労務・人事・業務の3領域を一つにまとめる社内業務クラウドです。入退社管理（月額200円／アカウント、2026年11月時点）では、入社予定者からの情報・書類の回収と、会社側の確認・差し戻しを一つの流れにまとめられます。

• 入社予定者専用画面：入社予定者が専用画面から必要な情報を入力し、写真やファイルを提出できます。確認が必要な書類には、簡易的な電子サインで対応できます。
• 進捗の一覧と差し戻し：複数の入社予定者をまとめて登録し、手続きの進捗を一覧で確認できます。不備があれば、項目を指定し、理由を添えて差し戻せます。
• 退職時の情報収集：退職手続きに必要な情報は、従業員がSmartOps内のフォームから回答し、担当者が内容を確認します。
• 社員情報との連動：社員・組織情報を共通の基盤として、勤怠管理や人事評価などの機能と組み合わせて使えます。

年末調整については、専用ページで、PC・スマートフォンからのWeb申告、提出状況のダッシュボード、未提出者への一括督促、不備の差し戻しと再提出、申告書のPDF出力を案内しています。一方、トップページでは、労務管理アドオンの説明に年末調整や電子申請への対応が書かれている一方、機能一覧では年末調整が「構想」と表記されています。提供時期や範囲は問い合わせで確認してください。行政への電子申請や年税額の計算は、給与ソフトなど既存の仕組みとの組み合わせを前提に検討します。

基本機能（社員管理・組織図・スケジュール・ToDo・お知らせ・会社情報）は無料で、初期費用や最低契約期間はありません（継続利用には有料アドオンを1つ以上契約）。

入退社手続き・年末調整のオンライン化に関するよくある質問

まとめ｜「回収」「確認」「届出」の3つに分けてオンライン化する

入退社手続きと年末調整は、従業員からの情報・書類の回収、社内での確認と差し戻し、行政への届出の3つに分けると、どこから紙をなくせるかが見えてきます。負担の大きい回収と確認をフォームと管理画面に集め、e-Govの電子申請や国税庁の年末調整の電子化につなげるのが進めやすい順番です。

届出の期限や年末調整の控除額は、制度の改正で変わることがあります。手続きの最新の情報は、厚生労働省・日本年金機構・国税庁の公式資料で確認しながら進めてください。

※届出の期限や制度の内容は、2026年11月11日時点の厚生労働省・日本年金機構・国税庁などの公式資料にもとづきます。製品の機能は同時点の各社公式サイトの記載にもとづきます。
出典：厚生労働省 雇用保険の手続き、ハローワーク 電子申請、日本年金機構 資格取得届、日本年金機構 資格喪失届、日本年金機構 被扶養者（異動）届、厚生労働省 特定の法人の電子申請義務化、日本年金機構 GビズID、e-Gov 電子申請の準備、厚生労働省 労働条件の明示、厚生労働省 離職票のマイナポータル送付、国税庁 扶養控除等申告書、国税庁 源泉徴収票、国税庁 年末調整手続の電子化、国税庁 年末調整の電子化FAQ、国税庁 令和8年分 年末調整のしかた、HRBrain 労務管理、SmartOps 入退社管理、SmartOps 年末調整、SmartOps 人事管理